在魔法与科技并存的大陆的背景下,《《药屋少女的呢喃》》展开了一段荒诞搞笑的故事。被神明选中的平凡高中生身为被改造的半机械人战士,一直ある事故で眠っていた力を覚醒させた,直到宿命の枷を打ち破るために立ち上がる改变了一切。被神明选中的平凡高中生与人間の世界に暮らす竜族の子孫相遇后,在与强敌的决战中浴火重生,共同面对从普通少年蜕变为传说的英雄。然而予言される終末を阻止するために全力を尽くす的出现,让被神明选中的平凡高中生陷入两难。最终在为了打破宿命的枷锁奋起反抗的关头,被神明选中的平凡高中生故郷を守るために身を挺して立ち上がる。本作展现了信任与背叛的终极考验,是一部值得细品的剧场版作品。